В 2007 году Холдинговая компания «Новотранс» приступила к постройке вагоноремонтных предприятий в г. Иркутск, в г. Прокопьевск Кемеровской обл., в г. Кашира Московской обл. общей мощностью производства плановых видов ремонта более 15 000 вагонов в год.
1 июля 2008 г. в составе ОАО Холдинговая компания «Новотранс» образовано новое структурное подразделение — Южная компания «Новотранс».
1 января 2009 г. введено в в эксплуатацию Вагоноремонтное предприятие "Новотранс", расположенное на ст. Белая Восточно-Сибирской железной дороги, пос. Тайтурка в 80 км от г. Иркутск. Оказывает услуги по проведению плановых ремонтов грузовых вагонов, ремонту колесных пар со сменой элементов, окраске вагонов, производству модернизации ряда комплектующих.
Холдинговая компания «Новотранс» динамично развивается уже на протяжении 12 лет. За этот период произошло значительное увеличение парка вагонов (до более, чем 26 000 единиц), штата сотрудников, расширилась сфера влияния и сфера интересов Компании. К настоящму времени введены в эксплуатацию четыре вагоноремонтных предприятия, способных произвести ремонт более, чем 15 000 вагонов в год.
1 ноября 2000 г. образована Транспортная компания «Новотранс» — одна из первых компаний-операторов, созданных в соответствии с концепцией структурной реформы федерального железнодорожного транспорта Российской Федерации и зарегистрированных в Министерстве путей сообщения.
24 марта 2004 г. для организации погрузки полувагонов со станций Дальневосточной железной дороги образована Дальневосточная компания «Новотранс».
19 мая 2004 г. для обеспечения диверсификации в центральном регионе России создается Грузовая компания «Новотранс».
22 июля 2004 г. Сибирская компания «Новотранс» образована для расширения сферы влияния на Красноярскую, Восточно-Сибирскую и Забайкальскую железные дороги.
29 ноября 2004 г. ТК «Новотранс», ДК «Новотранс», ГК «Новотранс» и СК «Новотранс» были объединены в Холдинговую Компанию «Новотранс», что позволило оптимизировать управление.
4 апреля 2005 г. в связи с увеличением парка подвижного состава образована Ремонтная Компания «Новотранс» для обеспечения исправного технического состояния вагонов.
13 июля 2005 г. регион погрузки вагонов расширен на Украину — образовано ООО «Новотранс—Украина».
26 сентября 2006 г. для организации перевозок в двухъярусных крытых вагонах-автомобилевозах создана компания «Новотранс-Авто».